中药学是一门以中医理论为指导，研究中药的基本理论，来源、采集、炮制、鉴定、功效、生产和临床应用的综合性学科。中药学与药学相辅相成，构成了我校的优势学科群。
中药学学科始建于1959年建校之初，1978年开始招收和培养中药学硕士研究生，1981年获中药学一级学科硕士学位授予权，2003年获中药学一级学科博士学位授予权，2005年成为首批浙江省“重中之重”学科，2007年获批设立中药学一级学科博士后科研流动站，2013年成为浙江省“十二五”重中之重一级学科，2016年列为浙江省“十三五”一流学科（A类），2017年入选浙江省重点建设高校优势特色学科，2023年入选浙江省“十四五”优势特色学科。中药学学科以中国工程院李大鹏院士为学科带头人，拥有中药学一级学科博士学位授予权和硕士授予权，2020年增列中药学专业学位硕士授权点；建有中药学一级学科博士后流动站；拥有中药学国家级实验教学示范中心、省级重点支持现代产业学院（浙江中医药大学康恩贝中9001cc金沙以诚为本），省级重点实验室、省级工程研究中心、省“2011协同创新中心”及药食植物活性成分与健康浙江省国际科技合作基地等一批国家级、省级教研平台；人才培养获国家级教学成果二等奖及省级教学成果一等奖。
中药学学科以“浙八味”等浙产道地药材和特色药材为主要研究对象，从中药制剂学（药剂学）、中药分析学（药物分析）、中药药理学（药理学）、中药化学（天然药化、药物化学）、中药资源学（生药学、微生物与生化药学）、中药生物技术、中药炮制学、临床中药学等二级学科着手，聚焦以下5个方向开展研究。
中药资源与品质提升：以“浙八味”道地药材和浙产珍稀特色中药材的资源收集、驯化和栽培等研究为重点，开展中药材规范化种植基地建设；以内生真菌对宿主及药材品质的影响及其资源开发和应用为研究点，探寻内生真菌的生物多样性、菌群结构与药材品质的关系及其可能的分子机制。
中药生物技术与炮制工程：围绕中药材活性成分代谢合成、种质创新及生物技术应用等领域，开展中药活性成分生物合成途径解析、代谢机制及调控利用等基础研究与应用开发；采用药物化、代谢组学、PK-PD等研究中药炮制前后物质变化以及谱效关系，阐明中药炮制、配伍的机理；开展中药材及饮片的质量标准和快速检测体系研究，实现中药饮片生产的自动化、规范化及炮制过程的智能化控制。
中药药效物质基础与作用机制：应用多元生物信息技术，研究中药在多元生物信息中的关键环节和整体网络稳态调节作用模式，发现中药在生物体内作用的药效靶点，揭示中药的有效性及“方证关系”内涵；围绕中药药效物质基础，开展中药化学成分的体内外分离纯化、结构鉴定、作用机制、结构改造与修饰等领域的研究，开展中药药效物质基础、作用机理与构效关系研究。
中药制剂关键技术与质量控制：主要涵盖中药药剂、药剂学、中药分析与药物分析等二级学科。开展中药制剂的传承、前处理、成药性评价、过程控制与质量标准、缓控释制剂技术、纳米靶向给药关键技术、联合用药配伍、制剂关键技术以及生物信息学分析研究。
中药新产品开发：以开发新产品为导向，以高血压、糖尿病、高尿酸血症、肥胖等代谢性疾病的治疗药物或保健产品和浙产特色药材深入研发为重点，系统开展证候动物模型、药效比较、作用机制、药效物质等研究，研发代谢性疾病的治疗中药新药或保健产品。
